2009年1月1日起，《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令第538号)和《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(财政部  国家税务总局令第50号)正式实施。此前国家税务总局发布的部分增值税规范性文件所引用的条例及细则条款依据已发生变化，需要根据修订后的条例及细则进行修改。现将有关修改内容明确如下：

　　一、《国家税务总局关于饮食业征收流转税问题的通知》(国税发〔1996〕202号)第二条中“按《增值税暂行条例实施细则》第六条和《营业税暂行条例实施细则》第六条”修改为“按《增值税暂行条例实施细则》第七条和《营业税暂行条例实施细则》第八条”。

　　二、《国家税务总局关于卫生防疫站调拨生物制品及药械征收增值税的批复》(国税函〔1999〕191号)中“根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条及有关规定，对卫生防疫站调拨生物制品和药械，可按照小规模商业企业4％的增值税征收率征收增值税。”修改为“根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十九条及有关规定，对卫生防疫站调拨生物制品和药械，可按照小规模纳税人3%的增值税征收率征收增值税。”

　　三、《国家税务总局关于外国企业来华参展后销售展品有关税务处理问题的批复》(国税函〔1999〕207号)第一条中“按小规模纳税人所适用的6%征收率”修改为“按小规模纳税人所适用的3%征收率”。

　　四、《国家税务总局关于增值税一般纳税人恢复抵扣进项税额资格后有关问题的批复》(国税函〔2000〕584号)中“《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十条规定：‘一般纳税人有下列情形之一者，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票：(一)会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的；(二)符合一般纳税人条件，但不申请办理一般纳税人认定手续的。’”修改为 “《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十四条规定：有下列情形之一者，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票:(一)一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的；(二)除本细则第二十九条规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的。”

　　五、《国家税务总局关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》(国税函〔2002〕1103号)中“《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十一条规定：‘非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失’”修改为 “《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，非正常损失是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。”。

　　六、《国家税务总局关于增值税起征点调整后有关问题的批复》(国税函〔2003〕1396号)第二条“《中华人民共和国增值税暂行条例》第十八条规定”修改为“《中华人民共和国增值税暂行条例》第十七条规定”。
 
　　七、《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》(国税发明电〔2004〕37号)第三条第(三)款有关企业增购专用发票必须按专用发票销售额的4%预缴增值税的规定，修改为按3%预缴增值税。

　　八、《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的补充通知》(国税发明电〔2004〕62号)第七条第一款有关辅导期一般纳税人增购增值税专用发票按4%征收率计算预缴税款的规定，修改为按3%征收率计算预缴税款。

　　九、《国家税务总局关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知》(国税函〔2004〕895号)第一条“增值税征收率4%(商业)或6%(其他)”修改为“增值税征收率3%”。
 
　　十、《国家税务总局关于加强煤炭行业税收管理的通知》(国税发〔2005〕153号)第一条“根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十条的规定”修改为“根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十四条的规定”。

　　十一、《国家税务总局关于纳税人进口货物增值税进项税额抵扣有关问题的通知》(国税函〔2007〕350号)中“纳税人从海关取得的完税凭证”修改为“纳税人从海关取得的海关进口增值税专用缴款书”，“进口货物取得的合法海关完税凭证”修改为“进口货物取得的合法海关进口增值税专用缴款书”。