根据《中华人民共和国审计法》的规定，2009年，审计署对中国农业银行股份有限公司(以下简称农业银行)总行及11家分支机构2008年度资产负债损益情况进行了审计。
　　一、基本情况及总体评价
　　审计情况表明，近年来，农业银行按照国务院关于“面向三农、整体改制、商业运作、择机上市”的十六字方针，稳步推进股份制改革，取得初步成效。
　　(一)积极推进股份制改革，初步建立商业银行公司治理结构。
　　2008年，农业银行按股改方案要求，通过资产剥离和财务重组，完成了股份公司的组建；按照现代股份制商业银行治理模式，建立了相对规范的公司治理结构；积极转变经营管理机制和理念，制定了战略发展规划，明确了中长期战略发展目标。
　　(二)创新金融服务，落实服务“三农”股改目标。
　　农业银行认真落实服务“三农”的股改目标，不断改进农村金融服务方式，初步探索出一条以农业产业化龙头企业和农产品基地为依托、以农户为重点、以惠农卡为载体、以农户小额贷款为突破口，实行“条线管理、单元经营、重心下沉、独立核算”的运作模式。
　　(三)不断完善内部控制，加强风险管理。
　　2008年，农业银行设立了专门的风险管理部门，初步建立了全面风险管理框架，加强风险管理队伍建设；组织多层次检查队伍，加大对重点地区分支机构违规操作和案件的专项治理力度，违规经营和案件高发的势头初步得到遏制。
　　(四)资产质量明显改善，经营效益有较大提高。
　　2008年，农业银行通过财务重组和不良资产剥离，资产质量和经营效益有了较大改善。截至2008年末，资产总额为70 124.41亿元，其中贷款总额31 001.59亿元。不良贷款额和不良贷款率实现了双降，不良贷款额从8161亿元降至1340亿元，不良贷款率从23.64％降至4.32％，拨备覆盖率从7.16％提高到63.53％；实现净利润516亿元，同比增加18.9％，总资产回报率从0.81％上升至0.84％，资本充足率从－17.84％提高到9.41％。
　　审计也发现，农业银行一些分支机构仍然存在违规经营问题，内部管理和风险控制还存在薄弱环节。
　　二、审计查出的主要问题
　　在对农业银行总行及11家分支行审计中查出以下主要问题：
　　(一)违规经营问题105.53亿元。
　　一是违规发放各类贷款47.97亿元，主要是向不符合产业政策和贷款条件的企业和项目发放贷款、违规开立保函、发放无指定用途贷款以及信贷资金流入股市等，涉及北京、河北、辽宁、安徽、山东、河南、湖南、四川、大连等9家分行。如2008年12月至2009年2月，辽宁省朝阳市凌源支行向被列入关停淘汰落后生产能力名单的一家钢铁企业发放流动资金贷款2.2亿元。
　　二是违规签发无贸易背景的承兑汇票和办理贴现48.28亿元，涉及北京、安徽、河南、湖北等9家分行。如2009年2月，安徽省阜阳市腾达支行为完成内部考核任务，主动与不具备开具增值税专用发票资格的南京巨欧贸易有限公司联系办理票据贴现1.94亿元，贴现所用增值税发票复印件系伪造。
　　三是违规办理存款、结算业务5.96亿元。如2007年底，黑龙江省黑河分行个别职工将其个人结算账户违规提供给客户办理转款业务5.57亿元。
　　四是违反财务收支法规问题3.32亿元，涉及黑龙江、河南、湖北等9家分支机构，主要是少计营业外收入、账外固定资产和私设“小金库”等。
　　(二)经营管理存在薄弱环节，部分业务存在风险。
　　一是政府融资平台贷款管理存在薄弱环节。审计抽查的230亿元地方政府融资平台贷款中，有25亿元被地方政府用于抵顶扩大内需投资项目的配套资金或财政性支出等。
　　二是部分涉农贷款资金未直接用于“三农”。农业银行2008年发放的贷款中，有215亿元未直接用于“三农”。
　　三是基础管理和风险控制存在漏洞。如对账户和部分业务交易平台的交易缺乏监控；“惠农卡”存在滞留在代理人员处或由银行经办人员代为开卡的问题；经营性物业贷款管理不到位，部分贷款资金流向房地产开发项目；代客衍生品交易风险控制不足，2008年垫付利息支出和平盘损失10.7亿元。
　　三、审计处理情况及建议
　　对上述问题，审计署依法出具了审计报告。对审计发现的违规经营、部分业务管理存在薄弱环节及风险等问题，移送银监会等部门处理；对违反财务收支法规的问题依法作出处理，并责成农业银行追究相关人员责任；对审计发现的涉嫌违法犯罪的10件案件线索，已移交司法机关立案查处。
　　审计署建议：农业银行应进一步完善公司治理结构，继续深化金融改革和创新，加快实现战略转型步伐，不断提高竞争力和金融服务水平；严格规范经营行为，切实加强业务管理，在金融创新和拓展市场过程中，不断加强内部控制和风险管理，努力提高抗风险能力；全面贯彻落实国家宏观调控政策，改善对中小企业的信贷服务，加大支农力度，严格执行国家产业政策。
　　四、审计查出问题的整改情况
　　农业银行对本次审计查出的问题高度重视，多次召开专题会议研究制定整改措施，将整改问题与合规文化建设、经营理念提升和推进商业化进程相结合，强化了内部控制和管理。截至2010年3月末，对审计报告中涉及的96项违规经营问题已整改90项，整改完成率为93.75％；收回违规发放的贷款16.74亿元，收回承兑汇票和贴现资金47.33亿元，调整会计账目金额1.56亿元，追回“小金库”资金78.67万元，处理账外资产3750万元。已处理责任人263人。其中移送司法机关1人，处理处级干部11人，科级干部33人。未完成整改的事项正在积极整改中。