《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部、国家税务总局令第50号，以下简称《增值税暂行条例实施细则》）第十九条明确：增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票以及运输结算费用结算单据。由此可见，运输费用结算单据属于增值税扣税凭证之一。从运输方式上，运输分为航空运输、公路运输、管道运输、铁路运输、水上运输等。《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第538号，以下简称《增值税暂行条例》）第八条第二款第四项明确：纳税人购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额准予从销项税额中抵扣。第九条同时规定：“纳税人购进货物或者应税劳务，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。”根据现行法律、行政法规以及国务院税务主管部门有关规定，对以下十八种情况支付的运输费用，即便是取得了运输费用结算单据，也不允许抵扣进项税额。
1.购进不得从销项税额中抵扣进项税额的货物的，与之相关的运输费用不得抵扣进项税额。《增值税暂行条例》第十条第五款明确：对不得从销项税额中抵扣进项税额的购进货物，其发生的运费不得从销项税额中抵扣进项税额。不得从销项税额中抵扣进项税额的购进货物包括以下四种情况：一是用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物；二是非正常损失的购进货物；三是非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物；四是国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品。应当注意的是，增值税一般纳税人购进的既用于增值税应税项目（不含免征增值税项目）也用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的固定资产，其发生的运输费用允许进项税抵扣。
2.所销售的货物为免税的，其运输费用的进项税额不得从销项税额中抵扣。《增值税暂行条例》第十条规定：销售免税货物的运输费用的进项税额不得从销项税额中抵扣。
3. 偏高的运输费用不予抵扣进项税额。《国家税务总局〈关于加强增值税征收管理若干问题〉的通知》（国税发[1995]192号）规定：纳税人购进、销售货物所支付的运输费用明显偏高，经过审核不合理的，不予抵扣运输费用。实际操作中，税务部门一般对取得运输发票的企业每辆车核定运输收入最高限额，超过限额的收入即认为不合理。
4.运费支付的对象与提供运输劳务单位不一致，不能抵扣进项税额。《国家税务总局〈关于加强增值税征收管理若干问题〉的通知》（国税发[1995]192号）第一条第三款规定：“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”根据这一规定，直接付给中间商，由中间商再与供货方结算，造成开票方与付款流向不一致，其进项税额不能抵扣。但对一般纳税人购进或销售货物通过铁路运输，并取得铁路部门开具的运输发票，如果铁路部门开具的铁路运输发票托运人或收货人名称与其不一致，但铁路运输发票托运人栏或备注栏注有该纳税人名称的（手写无效），该运输发票可以作为进项税额抵扣凭证，允许抵扣进项税额。
5.货运定额发票不予抵扣进项税额。《国家税务总局〈关于货物运输业若干税收问题〉的通知》（国税函发[1995]288号）规定：准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。国税发[1995]192号文件规定，增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
6.邮寄费不允许计算进项税额抵扣。《国家税务总局关于印发〈增值税问题解答〈之一〉〉有通知》（国税函[1995]288号）规定：增值税一般纳税人采用邮寄方式销售、购买货物所支付的邮寄费不允许计算进项税额抵扣。但另据《国家税务总局〈关于铁路运费进项税额抵扣有关问题〉的补充通知》（国税函[2003]970号）规定，中国铁路包裹快运公司为客户提供运输劳务，属于铁路运输企业。因此，对增值税一般纳税人购进或销售货物取得的《中国铁路小件货物快运运单》列明的铁路快运包干费、超重费、到付运费和转运费，可按7%的扣除率计算抵扣进项税额。
7.装卸费、保险费用等其他杂费不得抵扣进项税。《增值税暂行条例实施细则》第十八条规定：允许抵扣的运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。也就是说，对运输费用中同时支付的装卸费、保险费等其他杂费不得从销项税额中抵扣。并且《国家税务总局〈关于货物运输业若干税收问题〉的通知》（国税发[2004]88号）明确规定：货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的全部不予抵扣。
国税函[2005]332号文件规定，铁路运输发票自 2005年4月1日起，增值税一般纳税人购进或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（包括未列明的新增的铁路临管线及铁路专线运输费用）准予抵扣。准予抵扣的范围仅限于铁路运输企业开具各种运营费用和铁路建设基金，随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得抵扣。东北地区扩大增值税抵扣范围企业购进或销售固定资产支付的运输费用准予抵扣。
8.项目填列不符的发票。国税发[1995]192号文件规定，购货发票所列项目不符，不准予抵扣。准予计算进项税额扣除的货运发票，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）规定：一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许抵扣进项税额。一般纳税人取得的项目填写不齐全的运输发票（附有运输清单的汇总开具的运输发票除外）不得计算抵扣进项税额。《国家税务总局〈关于加强货物运输业税收征收管理有关问题〉的通知》（国税发明电[2003]55号）规定“准予计算进项税额扣除的货运发票的填写，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。抵扣进项税的运输费用结算单据必须按栏目如实一次性填开，一项运输业务无法明确单位运价和运输里程时，除”运价“和”里程“两项内容外，其余各栏次项目必须填写齐全、规范、完整，运输费用和其他费用必须分别注明。
如果纳税人未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票不得计算抵扣进项税额。自开票纳税人和代开票单位必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票。凡开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。自开票的，应在运费发票下方正中央加盖有开票人识别号、主管地税局名称和代码等内容的“开票人专用章”和财务专用章。
9.货运代理发票。民用航空运费发票对于增值税一般纳税人在外购和销售货物（固定资产除外）中取得的民用航空货票，根据国税发[1995]192号文件的规定是准予抵扣的。财税[2005]165号文件规定：一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
对于民用航空货票抵扣增值税进项税的问题并没有非常详细的规定。但是，一般纳税人只有取得民用航空公司开具额货票才能抵扣增值税进项税。而在实际业务处理过程中，航空公司的货运业务一般是外包给大型货运代理公司运作的，即航空公司一般不直接面对市场承接航空运输业务。因此，一般纳税人在通过航空运输销售或外购货物时，是和运输代理单位签订合同，取得的一般是货运代理业发票。根据政策规定，货运代理业发票是不能计算增值税进项税抵扣的。实务中，有部分纳税人将取得的这种货运代理发票计算抵扣增值税进项税导致了税务机关的处罚。
10.远洋运输发票和境外运输发票不能抵扣。远洋运输发票属于国际货物运输发票，根据财税[2005]165号的规定，一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。对于国际货物运输发票是不准抵扣增值税进项税的，即企业发生的中国境外的运输费用是不能抵扣增值税的。
对于增值税一般纳税人在进口和出口货物环节发生的境外运输费用能否抵扣增值税进项税问题：根据规定，增值税一般纳税人取得的境外运输费用是不能计算增值税的进项税的。
《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》财税[2005]165号文第7条第三款规定：一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。财税[2005]165号文不仅强调了国际货物运输代理业发票不得计算抵扣增值税进项税，而且规定国际货物运输发票也不得计算抵扣进项税。实际就明确了增值税一般纳税人发生的境外运输费用是不能抵扣进项税的。
11.税务代开发票手续不全，不予抵扣进项税额。纳税人可以申请税务机关代开运输发票，但税务机关代开的发票未必就一定可以抵扣进项税额。《国家税务总局〈关于加强货物运输业税收征收管理有关问题〉的通知》（国税发明电[2003]55号）规定：地税局代开货运发票时，应加盖代开票地税局发票专用章，专用章有代开票地税局名称和地税局代码，否则不予抵扣增值税。
12.超过规定期限未申报不得抵扣。《国家税务总局〈关于货物运输业若干税收问题〉的通知》（国税发[2004]88号）规定：增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日180天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。一般来说，抵扣凭证应当自开票之日起180天内向主管国税局申报抵扣。超过时限的不允许抵扣。
13.纳税人同时购入允许抵扣的货物和不允许抵扣的货物所发生的运费，如果能够合理划分，则运输允许抵扣货物部分的运费的进项税额可以计算抵扣，如无法划分，则不得计算进项税额抵扣。
14.比对不符的运输发票不得抵扣。《国家税务总局〈关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理〉的公告》（国税发[2003]120号）规定，国税局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对，凡比对不符的，一律不予抵扣。
国税函[2007]722号文件规定，属于“认证不符”中“纳税人识别号认证不符（发票所列受票方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）”、“发票代码号码认证不符（机打代码或号码与发票代码或号码不符）”的货运发票，不得作为增值税进项税额抵扣凭证。
“重复认证”、“密文有误”和“认证不符（不包括发票代码号码认证不符和纳税人识别号认证不符）”的货运发票，暂不得作为增值税进项税额抵扣凭证，税务机关应扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。属于稽核发现涉嫌违规的货运发票，暂不得作为增值税进项税额抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查和处理。
经稽查部门检查或管理部门审核检查确认属于税务机关操作问题以及技术性问题造成的，允许作为增值税进项税额抵扣凭证；不属于税务机关操作问题以及技术性问题造成的，不得作为增值税进项税额抵扣凭证。
15.其他单位代运输单位和个人开具的运输发票不得抵扣。《国家税务总局〈关于货物运输业若干税收问题〉的通知》（国税发[2004]88号）规定：运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。除此以外的其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
16.未按规定逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》的不得抵扣。《国家税务总局〈关于加强货物运输业税收征收管理〉的通知》（国税发[2003]121号）中附件2《运输发票增值税抵扣管理试行办法》第四条规定：纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时，除按现行规定申报报表资料外，增加报关《增值税运输发票抵扣清单》。纳税除报送清单纸质资料外，还需同时报送《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息。未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣。
17.抵扣联加盖印章的发票不得抵扣。国税发[2006]67号文件规定，开具《货运发票》时应在发票联左下角加盖财务印章或发票专用章或代开发票专用章；抵扣联一律不加盖印章。
18.国际货物运输代理发票不得抵扣。国税函发[2005]54号文件规定，增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣增值税。
