现实中，征收碳税存在一些问题。由于碳税的实际减排效果无法估算，也就无法判断各国履约的情况。在碳税的税率和征收对象等方面的国际协议会存在较大的争议，尤其是对于碳排放密集型行业，碳税直接影响其国际竞争力，因此也关系到各国的经济发展问题。尤其是如果有关国家为保护本国相关产业，通过征收“碳关税”来惩罚它认为未履行减排承诺的国家，则可能导致出现“绿色贸易壁垒”等问题，引发新一轮的全球贸易保护主义。

    为什么征收碳税？其主要目的是为碳排放设定了一个明确的价格，一方面提高使用化石燃料的成本，可以减少化石燃料的消耗和减少温室气体排放；另一方面可以使得清洁能源相对于价格比较低廉的化石燃料(如煤炭)，更具成本竞争力，进而推动清洁能源的推广和普及。由于各国的经济发展情况不同，碳减排的边际成本相差很大，因此各国、各地区征收碳税的时机和规模也各不相同，不仅要考虑到经济效率、环境效果，还要考虑到社会效益、国际竞争力等问题。因此征收碳税需要针对社会经济的不同发展情况，根据能源结构和能源需求的具体状况，慎重选择征税范围和税率。

    碳税的征税对象虽然都是针对化石燃料，但税基的宽窄也有很大的区别，有的包括了几乎所有化石燃料，有的则仅局限在某种化石燃料。造成这一现象的主要原因当然是各国除了碳税之外，还可能实施了能源税或其他减排政策。实践中，直接对化石燃料的二氧化碳排放量进行征收存在较大的操作困难，但是我们知道碳含量与能源消费量的比例关系，可以采用能源消费量作为计税基础。

    可供选择的碳税纳税环节较多，理论上可以在化石燃料使用链条的一个或多个环节征收，但在不同的环节征税，效率和可操作性是不一样的。比如，可以在化石燃料的最终使用环节征收，即谁使用谁缴税，如电力税、燃料税(以能源税消费税的形式出现)等；也可以在化石燃料使用链条的上游环节征收，如对煤矿和石油供应商征收；还可在以化石燃料为基础的二次能源生产环节，如对火力发电厂征收以及石化产品(汽油、喷气发动机燃料、民用燃料油)的精炼、加工环节。多数国家都是在化石燃料使用链条的下游征税，主要纳税人是使用能源的产业部门和居民。一般来说，在产业的上游征税比在下游征税更节约成本，也更便于管理，特别是在碳排放的核算与计量方面。

    理论上说，碳税税率应该符合“庇古税”的原理，即参照一个单位的二氧化碳排放对环境造成损害的程度来评估。但是对于气候变化造成的经济损失本身不好估价，其中既有环境要素不能市场化的问题，也有气候变化的环境效应不确定的问题，以及人类对自然环境的未知，所以碳税税率通常只能是参照固碳成本或减碳成本来制定。碳税具体操作比较复杂，因此需要简化。一般情况下，碳税是按照化石燃料的碳含量采用统一的税率，但是也有为不同的行业、不同类型的燃料设定不同的税率。每种化石燃料都有其特定的碳含量，例如烟煤的碳含量要比褐煤大得多，燃料油中的碳含量比汽油要大。税率越高，化石燃料使用成本越大。

    为了减少对能源密集型工业和面临激烈国际竞争相关企业的负面影响，或对低收入居民给予保护，还可以采取适当的碳税减免政策。不同国家的碳税减免范围和程度有很大的区别，也取决于具体的社会经济情况。比如对电力行业、采掘业、制造业中作为原材料使用的矿物油、汽油、煤和焦炭免税，对在农业和海运及沿海航运运输业中使用的矿物油免税等。为推进碳税的实施，一般在征收碳税的同时，会减少其他税收。比如，减征低收入阶层的个人所得税和能源密集型企业的所得税。也可以采取补偿措施，即用碳税收入给予受碳税影响大的居民或企业补偿，比如，将碳税收入用于补贴公共设施的供热供电系统，还有相当部分碳税收入被专门用于节能减排方面的专项投资支出，比如英国政府设立的碳基金。

    需要说明的是，碳税与碳排放交易机制作为减排的主要经济手段，两者的理论基础不同，作用的方式不同，减排的效果不同，对社会经济的影响也不同。因此，尽管常常放在一起讨论，需要注意不能相提并论。此外，碳税与能源税作为环境税收政策的组成部分，两者既有联系又有区别，碳税不仅能够节能减排，而且能够促进能源结构向清洁能源倾斜。在选择减排政策时，政府的选择需要多方面平衡，包括环境成效、成本效益、分配效果(公平性)和体制上的可行性。对这些政策与措施进行比较全面的评估，是碳减排政策制定的基本参考依据。