作为近年来最为人瞩目的税制改革，“营改增”试点几乎从一开始就取得了明显的成效。它消除了增值税和营业税并行征收导致的重复征税，打通增值税抵扣链条，为细化社会专业化分工提供了有效的税收制度环境;促进和支持了试点企业的创新转型和市场竞争力提升，为解决制约现代服务业发展的体制机制瓶颈问题发挥了积极作用。
　　随着“营改增”效果的逐步显现和试点经验的不断积累，改革的步伐也在加快，有望在“十二五”期间完成全面改革。但这并不是一个简单的过程。“营改增”本身还有不少难题要解决，而在行业改革完成后，一方面增值税制度仍需要不断完善，另一方面“营改增”影响涉及财税改革的诸多方面，改革的难度也不小。粗略来看，深化增值税改革，至少有以下几个问题需要进行重点研究。
　　第一，“营改增”难点行业的制度设计问题。到目前为止，“营改增”覆盖的范围只包括了“1+7”行业，金融业、房地产业(包括建筑安装和不动产交易)等关键行业尚未进入改革范围，而这几个行业也是国际公认的增值税处理非常复杂的领域。从国际经验来看，各国都对这些难点行业制定了一些特殊的增值税征收规定，但并没有一个完美的解决办法。未来这些行业开展“营改增”时，如何设计符合我国国情的增值税制度，在消除重复征税、保证财政收入和降低征管成本之间取得平衡，将是一个重大的挑战。
　　第二，增值税税率简并问题。我国增值税最早设置了17%的标准税率和13%的低税率两档，“营改增”中为平衡企业税负又增设了6%和11%两档税率。除此之外，对小规模纳税人和一些特定产品和企业，我国还规定了2%、3%、4%、5%和6%等多种征收率。这不仅大大削弱了增值税的“中性”特点，也给征管带来了诸多不便。因此，从规范的增值税制度来看，“营改增”中已经不宜再增加新的税率档次了。“营改增”到位后，应尽快清理、简并增值税税率，未来还可以结合起征点和一般纳税人标准的修订，取消小规模纳税人制度和征收率。
　　第三，增值税立法问题。增值税是我国第一大税种，20年来一直是以暂行条例的形式运行的，立法级次低，与法治化的市场经济体制极不相称。从操作层面来看，在增值税暂行条例之外，多年来还出台了大量的法规、部门规章等等，形成了一个繁杂的制度体系，经过长期运行已经积累了大量问题。近年来，增值税立法已经多次列入人大立法计划中，但受制于增值税和营业税并行的状况，增值税立法问题迟迟没有进展。建议在“营改增”完成后，即刻推进增值税立法程序，以立法深化改革，提高立法级次，增强税法的权威性和严肃性。
　　第四，增值税收入规模扩大带来的问题。增值税是我国最大的税种，营业税是第三大税种，二者收入合计占到全部税收收入的40%以上。“营改增”虽然减税规模不小，改革之后增值税收入比重较原来仍有显著提高，由此造成了两方面的影响。一是税收收入对增值税的依赖性加大，由于增值税收入与经济形势、物价水平息息相关，一旦经济出现波动，税收收入发生波动的风险也在加大;二是增值税收入过高，还可能挤压其他税种的改革空间。因此，在未来还需要结合其他税种的改革进行联动考虑，适当降低增值税收入比重。
　　第五，“营改增”之外的影响。“营改增”是当前财税改革的“重头戏”，但它并非是营业税和增值税制度的简单转换，其影响涉及财政改革的诸多方面。“营改增”的推进，不仅给财政体制、地方税体系等带来一些新的问题，也使原有的矛盾更加突出，这就对当前诸多财税改革形成倒逼压力。只有加速财税改革，才能解决一些固有的、根本性矛盾，从而使财税制度更好地服务于我国发展的大局。